ต้นกัญชามีโอกาสเป็นเพศผู้และเมียได้เท่าๆ กัน โดยเราไม่สามารถรู้ได้เลยว่าเมล็ดหรือต้นกล้าต้นใดเป็นเพศผู้หรือเพศเมียจนกว่าต้นกัญชาจะแสดงเพศ ซึ่งปกติแล้วจะรู้เมื่ออายุประมาณ 3-10 สัปดาห์ ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์และความสมบูรณ์ของต้น โดยเพศเมียสามารถสังเกตได้จากซอกของกิ่งที่จะมีเส้นสีขาวๆ ส่วน
เพศผู้จะเป็นตุ่มกลมๆ ซึ่งตามธรรมชาติแล้วกัญชาจะผสมพันธุ์กันได้ต้องมีต้นเพศผู้และต้นเพศเมีย
ต้นกัญชาเพศผู้ (Male) ประกอบด้วยกลีบเลี้ยง 5 กลีบแยกกัน มีหน้าที่ช่วยผลิตเมล็ดพันธุ์ ต้นกัญชาเพศผู้ (ต้นตัวผู้) มีลักษณะดอกเป็นกระเปาะ กัญชาเพศผู้ส่วนใหญ่จะแสดงเพศไวกว่าต้นเพศเมียและออกดอกได้ไวกว่าต้นเพศเมียประมาณ 1-2 สัปดาห์ ดอกของต้นกัญชาเพศผู้ จะมีลักษณะเป็นกระเปาะ หรือตุ่มเล็กๆ และเมื่อเจริญเติบโตเต็มที่แล้วกระเปาะดอกจะแตกออกและมีเกสรตัวผู้อยู่ข้างในจำนวนมาก สำหรับการผสมพันธุ์กับดอกของตัวเมีย เกสรตัวผู้จะแก่เร็วกว่าเกสรตัวเมียเพื่อเตรียมพร้อมรอผสมพันธุ์ ดอกของต้นเพศผู้ไม่มีไตรโคมจึงไม่สามารถนำมาสกัดสาร THC จึงมักใช้เก็บเกสรไว้ผสมพันธุ์กับต้นเพศเมียเพื่อใช้